A HTC One M9 a biztonságra építve nem sokat változott elődmodelljéhez mérten. Ez természetesen a készülék nem minden alkatrészéről mondható el. Hogy a legnagyobb változást említsük, a gyártó az elődmodellben található kamerát egy 20 megapixeles alkatrészre cserélte, mely tovább erősíti a HTC mobilfotózásban elfoglalt előkelő helyét. A One M9 hátlapja a gyártótól már megszokott, úgynevezett unibody hátlap, mely megfelelően illeszkedik a kézbe, így csökkentve a készülék leejtésének veszélyét. Ettől függetlenül azonban továbbra is gyakori HTC javítás a készülék leejtése vagy ütődése során keletkezett kijelző meghibásodás miatt esedékes kijelző csere. A telefon kijelzője egyébként egy 5 hüvelykes, 1920x1080 felbontású Super LCD 3 kijelzőből és egy  Corning Gorilla Glass 4.0 érintőüvegből tevődik össze. A HTC One M9 kijelző cseréje - a legtöbb okostelefonhoz hasonlóan - kizárólag a két alkatrész együttes cseréjével végezhető el. Szennyeződés vagy beázást követően HTC szervizünkben azonnali jelleggel végezzük el a telefon ultrahangos tisztítását is.